对比前作，本片不以完整讲一个故事为目标，就剧情来说，生死帝尊完全可以和第三部合成一作，因而剧情量不足，这导致了本片扣分最多的原因，拖沓啰嗦。 作为科幻动作片，动作成分占比过多，且大多是没剧情推进作用的炫技打斗，部分如鬼魂双子高速公路的打斗虽也让人印象深刻，但因为打斗的都是程序，全程血汗全无，动作场面就像打橡胶人一样无聊；前半部分亦有文戏过多的问题。 故事上，前作Neo在母体中被救出，觉醒成the one；现实中人类反抗军总部锡安即将被机械军攻陷。Neo按照Morpheus深信的预言，按先知的指示救出锁匠，找到去Source的路，直面Matrix大boss造物主程序阻止战争，整个行动处处有命定的痕迹。 变数则是，意外从杀软变成病毒的Smith，这也是后面Neo的谈判筹码。 现在看来，本片是1、3的过渡作品，交代了背景和故事走向，生死帝尊没有前作让人惊艳。